船内は何層ものデッキ構造になっており、立体駐車場のようになっています。その独特の船型から風圧を受ける面積が大きいので、風にあおられ斜めに進む「斜航」の発生率が他の船型より大きくなっています。これを軽減し燃費効率を上げるため、商船三井の自動車船は、船首を斜めにカットしてラウンド状とし、船側部には全長にわたって段差を設け、横風による影響を軽減しています。

貨物デッキは、乗用車だけでなく、大型バスやトラックなどの車両や建設機械なども積めるように、一部は車高に合わせて高さを調節できる「リフタブルデッキ」になっています。できるだけ多くの車を積めるよう、車と車の間隔は前後30センチ、左右10センチほどに積載し、輸送中に動かないように固縛します。

「追浜丸」就航時は1,200台積みでしたが、現在では8,500台積みもあります。この積載できる台数は、長さ4.125m、幅1.55mの乗用車を基準として換算しています。2018年に竣工した、商船三井のFLEXIEシリーズは6,800台積みで、多様化するさまざまな車両にフレキシブルに対応できる自動車船です。デッキ数は14層で、そのうちの6層が高さの調整可能なリフタブルデッキを採用し、デッキを調整することで高さ5.6ｍまでの貨物を積載可能です。また、「ランプウェイ」の耐貨重は150トンで、自動車船で輸送されるほとんどの大型貨物に対応できます。

荷役設備のあるコンテナターミナルに寄港するため、一般的に船にはクレーンなどの荷役設備を装備していません。船倉には、コンテナを効率良く積載し、かつ固縛して安全を保つための垂直なレール「セルガイド」があります。甲板上には、固縛などの作業を行うための足場とする「ラッシング・ブリッジ」を設けています。また、安定した寄港スケジュールを維持するために、他の船種より高速航行が可能です。

1950年代に登場した「コンテナ」は物資の輸送トレード、そしてグローバルサプライチェーンの構築に非常に大きな影響を与えました。当時、海上輸送に関する荷役は人手のかかる非効率な貨物の積み下ろしが主流で、物流コストの大半は人件費といわれていましたが、「コンテナ」という規格化された箱を使うことにより大量の雑貨物を安価に、安全に輸送することが可能となったのです。